作者將模塊與臨床表型進(jìn)行相關(guān)性分析，發(fā)現(xiàn)模塊lavenderblush3與腫瘤的免疫反應(yīng)相關(guān)性最高（F2D）。F2E顯示GS與MM之間存在顯著相關(guān)性，作者選擇GS>0.2且MM>0.8的基因作為樞紐基因。為了降低樞紐基因間的共線性，還進(jìn)行了lasso回歸分析。在交叉驗(yàn)證中，當(dāng)模型中的變量數(shù)減少到7個(gè)時(shí)，模型的均方誤差降至最低點(diǎn)，方程的擬合效果達(dá)到最佳（圖2G）。由于CXCR2P1影響細(xì)胞表型的機(jī)制尚不明確，因此選擇其進(jìn)行后續(xù)分析。

胃癌患者的預(yù)后與他們對(duì)PD-1抑制劑的反應(yīng)高度相關(guān)。通過分析不同的數(shù)據(jù)集，作者發(fā)現(xiàn)在項(xiàng)目PRJEB25780（F3A）和項(xiàng)目IMvigor210（F3B）中，應(yīng)答者的CXCR2P1表達(dá)高于無應(yīng)答者。在四個(gè)GEO數(shù)據(jù)集中，胃癌組織中CXCR2P1的表達(dá)高于正常組織（F3C）。通過KM曲線，作者發(fā)現(xiàn)CXCR2P1高組在轉(zhuǎn)移性尿路上皮癌患者的OS延長（F3F），在肺癌患者的PFS延長（F3E）。

在項(xiàng)目PRJEB25780中，ESTIMATE分析顯示CXCR2P1-high組具有更高的免疫評(píng)分（F3D）。采用CIBERSORT算法評(píng)估免疫細(xì)胞的豐度，結(jié)果顯示CXCR2P1-high組中巨噬細(xì)胞（M1）、活化CD4+記憶T細(xì)胞、濾泡輔助T細(xì)胞的分?jǐn)?shù)高于CXCR2P1-low組。同時(shí)，F(xiàn)3H所示的散點(diǎn)圖顯示，CXCR2P1的表達(dá)與巨噬細(xì)胞(M1)、活化CD4+記憶T細(xì)胞及濾泡輔助T細(xì)胞的比例均呈顯著正相關(guān)，表明CXCR2P1的表達(dá)能夠顯著影響腫瘤免疫微環(huán)境。

通過差異表達(dá)分析，發(fā)現(xiàn)CXCR2P1高表達(dá)組與低表達(dá)組之間有610個(gè)DEG（F4A-B）。為探究CXCR2P1的細(xì)胞生物學(xué)功能，對(duì)這些DEG進(jìn)行EnrichGO和GSEA分析，結(jié)果提示CXCR2P1可能通過增強(qiáng)MHCII蛋白復(fù)合物在腫瘤免疫微環(huán)境中的抗原呈遞，從而增加腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤。

為了探討CXCR2P1與PD-1/PD-L1信號(hào)通路介導(dǎo)的腫瘤免疫逃逸的關(guān)系，作者首先分析了CXCR2P1與CD274表達(dá)的相關(guān)性，結(jié)果顯示腫瘤組織中CXCR2P1與CD274的表達(dá)呈高度相關(guān)（F5B）。然后通過c2wikipathway和KEGG數(shù)據(jù)庫的相關(guān)富集分析顯示CXCR2P1可能通過增加免疫浸潤和增強(qiáng)腫瘤組織中T細(xì)胞的活化來間接上調(diào)腫瘤細(xì)胞中PD-L1的表達(dá)。

c2wikipathway數(shù)據(jù)庫的GSEA結(jié)果顯示，CXCR2P1在“腫瘤微環(huán)境中免疫細(xì)胞與microRNA的相互作用”欄目中顯著富集（F6A），提示CXCR2P1可能通過microRNA調(diào)控PD-L1的表達(dá)。為了進(jìn)一步明確哪些microRNA參與了CXCR2P1的上下游信號(hào)通路，作者首先對(duì)項(xiàng)目PRJEB25780中所有microRNA按CXCR2P1的表達(dá)情況進(jìn)行DEG分析，然后對(duì)PRJEB25780中所有microRNA根據(jù)PD-1抑制劑的應(yīng)答情況進(jìn)行DEG分析，再將兩組microRNA基因集取交集，共得到5個(gè)基因。結(jié)果顯示，MIR215的表達(dá)在CXCR2P1-High組（F6J）和Responder組（F6O）中均顯著下調(diào)。提示MIR215可能參與了CXCR2P1的信號(hào)通路，并作為CXCR2P1影響細(xì)胞表型的介質(zhì)。